Avec une pédale de la série moogerfooger tu ne devrais avoir aucun problème.
Je le fais tout le temps (CP251, MF101, MF102) et ça marche fort bien avec le modulaire, que ce soit pour de l'audio ou du CV.
C'est costaud, tu peux y aller!
Ca peut être plus compliqué avec des pédales "guitare".
Il m'arrive de devoir passer par un atténuateur quand je veux contrôler en CV un delay Boss DD7 avec du modulaire. Parfois la pédale ne veut rien savoir, parfois elle est un peu capricieuse mais fini par se laisser faire, parfois ça marche du premier coup...
Concernant l'audio, les signaux sortant d'un modulaire (VCO ou autre) sont parfois un peu trop forts pour certaines pédales d'effet (et donc ça peut éventuellement saturer). Il suffit alors d'envoyer moins de son en sortie du modulaire et le problème est résolu, ou de passer par une table de mixage grâce à laquelle tu pourras mieux gérer les niveaux que tu envoies à la pédale.
Pour finir, et malgré les mises en garde des fabricants, je n'ai jamais grillé une pédale de cette manière (d'une autre manière non plus d'ailleurs!).